皇甫元即位之后，将齐武宗萧祐下葬，并遣散了萧祐的后宫，让后宫之中有品阶的妃嫔，或者去为齐武宗守陵，或者就回了娘家去，萧祐的两子，一人封为忠顺王，一人封为恭顺王，两个女儿，则依然为公主，迁出宫中，在京中安置下来，有宫人伺候，却不许其母与他们在一处，又安排了士兵守卫，实为监视。

除此，还遣散了不少宫中的宫女和宦官内侍，只留了很少一部分。

虽然这一年战事颇多，百姓生活困苦，但在除旧迎新之时，京城之中依然十分热闹。

皇甫元登基为帝之后，便让朝廷的臣子们各就其职，除了个别和刘家亲近而作威作福的官员被处置了，其他人都没有动过，又奖励了不少功臣和将领，还为高丞相平反，这些，都赢得了朝臣的拥护。

皇甫元的五个儿子，各有封赏，老大皇甫汉封燕王，老二皇甫宏封楚王，老三皇甫昇封齐王，老四皇甫烨封魏王，而老五皇甫奚封秦王。

秦和齐，乃是王爵中最尊贵的两个字，从这些封号，便可看出皇甫元最看重老五皇甫奚和老三皇甫昇。