这种情况也不是李杆子愿意出现的，千余人的吃喝拉撒都在狭小空间，垃圾废物也扔在堡垒周围。在高温烘烤和雨水浸润之下，出现这种情况十分自然。李杆子眼见张宣作干呕状，突然醒悟过来，急令搬来大量的甘蔗酒。张宣足足灌了半葫芦酒，才勉强压下了心中的翻滚。陆战营水兵也有样学样，纷纷痛饮起甘蔗酒起来。

由于技术原因，流求公司榨糖后的甘蔗渣仍有不少糖分，如果丢了十分可惜。欧阳轩得知情况后，便写信建议将用来酿酒。流求粮食并不富余，自然也缺乏酒精这种重要的物资。余柱命人按欧阳轩的办法进行了生产，果然大获成功。这种酒不仅便宜，产量也极大，颇受军民欢迎。台南堡中便库存了大量的甘蔗酒，这也是在围城期间十分恶劣环境，却没有发生疫病的重要原因。

鉴于台南堡卫生状况十分恶劣，李杆子组织了人手进行了彻底的清洁，将积存的垃圾焚烧一空。张宣则派人用船将堡中的伤员运往台北，那里有更好的医治条件。陆战营的水兵接管了台南堡防务后，李杆子带着人到海边痛痛快快洗个了干净。眼下第二分舰队除了小部分战船在澎湖之外，大部分的火炮战船都进驻了台南堡。有这些战船的保护，根本不再怕海匪趁机来袭。