之后，朱雀再次以学生身份回到了阿什弗德学园，这时朱雀的其中一个任务是确定鲁路修有否恢复记忆。同时兼任娜娜莉总督的总督辅佐官。确认了鲁路修就是复活的zero后，因为太温柔而且不想变成鲁路修那样的人，朱雀放弃了对被俘的卡莲使用refrain（一种精神毒品）使其坦白交代一切的想法。

在前往机密情报局再度确认鲁路修是否恢复记忆时，发现情报人员维蕾塔、洛洛皆失踪，询问情报人员却重复回答无可奉告，朱雀才发现情报人员早已被鲁路修给控制了，因而更确信鲁路修已经恢复记忆的事实，然而考虑到行政特区日本还未完成，暂时不举报鲁路修已经恢复记忆这一事实。

在第二次东京决战中，因受到鲁路修活下去的geass的影响，激发了朱雀的求生本能，使他亲手发射了战略武器芙蕾雅，造成了两千万以上的人员伤亡。

后来又以成为第一骑士为条件，协助修乃泽尔发动政变，去刺杀皇帝，可惜最后被皇帝及第一骑士俾斯麦发现，因不敌俾斯麦，强行被自己所中的活下去的geass启动逃走，却因此而遇见及阿妮亚玛丽安娜，得以进入思考升降梯系统。在思考升降梯系统中，朱雀被告知c的世界的真相，并且选择了站在鲁路修一边，共同挫败了皇帝查尔斯改变世界的弑神计划，阻止了一成不变的停滞的世界，选择让人类世界持续运转下去，用自己的双手创造人类的幸福。

鲁路修就任神圣布列塔尼亚帝国第99代皇帝之后，朱雀被封为超越圆桌骑士的零号骑士，皇帝鲁路修直属骑士。鲁路修和朱雀统领的布列塔尼亚受到“旧皇帝派”代表人修乃泽尔的反对，修乃泽尔将载有无数枚“芙蕾雅”核武器的天空要塞达摩克里斯投入战场，并联合黑色骑士团与鲁路修进行决战。

富士山上空进行的空战中，朱雀驾驶新机体兰斯洛特阿尔比昂与红月卡莲在要塞内部两败俱伤，最后机体爆炸，战后官方宣布零之骑士枢木朱雀阵亡，实则这位逃出破损的机体，留得一命。

修乃泽尔在日本决战中战败于鲁路修后，魔王鲁路修彻底统治世界把全世界的恨意集中于鲁路修一人身上，并未死亡的枢木朱雀接受了鲁路修递过的zero面具，并接收了鲁路修“愿望的geass，扮演zero刺杀皇帝鲁路修，斩断这世界仇恨的锁链，以迎来世界的明天。