1791年面对外国的武装干涉威胁，上莱茵地区组织了志愿军。莫罗带着一帮弟兄参军，在里面混到一个中校军衔。莫罗首先是在瓦尔密大捷的功臣迪穆里埃将军手下作战。迪穆里埃变节投降后，他的手下都受到了牵连。

而莫罗由于1793年治理一个营有方，优秀的军事素质和坚定的共和立场不但未受牵连，反而晋升为准将。救国委员会负责人卡诺独具慧眼，又在1794年初把莫罗升为少将，并把他派往佛兰德斯指挥皮什格鲁将军的右翼。

在土尔库万战役中，莫罗一战成名。因此在1795年担任莱茵军团司令，率部渡过莱茵河进入德意志地区作战。在那里莫罗打了好几个胜仗，甚至一度渡过伊萨尔河。但是当与奥地利第一名将卡尔大公交手后莫罗连吃败仗。

如此在不利的形势下，莫罗充分发挥了他的优秀军事才能，将部队有序完好地撤过了莱茵河，同时还带回5000名奥地利俘虏。

1799年，欧洲封建君主利用拿破仑远征埃及，督政府无力控制法国国内局势之际，组织了第二次反法同盟。他们派来了沙俄第一名将苏沃洛夫元帅率俄奥联军向法国进攻。督政府急忙重新起用莫罗，任命他为意大利军团司令。但没等莫罗和苏沃洛夫交手，督政府又临阵换将，任命以勇猛著称的儒贝尔为意大利军团司令，而准备把莫罗调往莱茵军团当司令。