此时，土方岁三率着援军刚刚赶到七重浜，看到新政府军士气受挫，顿时觉得是一个千载难逢的机会。他立刻离开七重浜，前去支援地势最为险要的函馆一本木关门。

土方岁三命在一本木关门镇守的原幕府陆军奉行添役大野右仲将残兵集合，从另一方向出击。自己则率领50名敢死队队员死守一本木关门，与新政府军激战。

土方岁三端坐马上，在枪林弹雨之中指挥自如，新政府军看到敢死队员悍不惧死，阵脚大乱。

但纵然千般英武，毕竟还是肉身，穿行在枪林弹雨中的土方岁三终于被流弹击中腹部，伤重落马。

身边的新选组队员岛田魁、相马主计等前去援助，将身受重伤的土方岁三扶起。满身是血的土方岁三慢慢抬起眼睛，轻声说了句：

“对不起”，便停止了呼吸。享年35岁。