两军相持半日后，刘长秋知全军处境危险，游曳在外的大策凌敦多克部四千余骑兵随时都会从后杀来，决定向巴尔喀什湖方向撤退。

但万万没想到，待前军和中军一万余官兵陆续撤离战场后，以喀尔喀蒙古骑兵、回部骑兵为主的掩护部队却开始争相逃离，引发了整个后卫部队的混乱。

恰好此时，大策凌敦多克率三千余精锐准噶尔骑兵及六千余哈萨克附从部队杀到，从侧翼向秦军后卫部队发起猛攻，顿时造成该部秦军崩溃，纷纷打马奔逃。

待秦军退至巴尔喀什湖畔的科里扎尔时，点检部队损失，刘长秋顿时吐出一口血来，损失官兵六千余（后面有一千四百余失散部队陆续归建），马匹骆驼近万匹（头），轻重火炮四十余门，枪械和兵刃无数。

而部队遭遇重大失利后，已军无战心，兵无士气，在诸将的劝说下，刘长秋遂领败兵返回伊犁，然后上表谢罪。

乾元帝收到败报后，勃然大怒，当即命令靖安司将刘长秋锁拿回南京治罪，以败师丧地的名义，削其爵位，然后命其于狱中自裁。

准噶尔汗国获此大胜后，趁势进攻，扫荡伊塞克草原，连续击破十数座大秦移民屯寨堡垒，兵围靖西城（今哈萨克阿拉木图市），大有反攻伊犁之势。

一时间，西北局势糜烂，准噶尔大有复起之势。

于是，乾元帝不得不重新启用岳钟琪，授于他节制甘肃、青海、西域三地军政事务大权，再次主持西北战事。

岳钟琪回到北庭后，也没有辜负朝廷的厚望，先是率兵击退了准噶尔汗国对伊犁的反扑，继而于冬日间再次上演千里大奔袭经典战例，以三千轻兵于靖西城下大破准噶尔军，将噶尔丹策零逐回哈萨克草原，一举稳定了西北局势。

为了巩固大秦于西北的统治，挟制准噶尔人再次起复，同时也为了西北大军提供有效物资补给，减轻内陆供养负担，岳钟琪上书朝廷，要求加大对西域的移民行动，广设军屯。

在他主政西北这几年时间，北庭都护府先后在伊犁河谷、阿拉套山谷（今新疆博州）、塔城盆地筑城十余座，建立军屯堡寨百十余处，汉人移民数量超过六万人，并在一定程度上改变了上述地区的民族结构。