李存真说道：“早就已经预料到清军是不会出城一战的。命令士兵掘土攻城，炸开城墙。”

李军将士在大教场外掘土攻城，一时之间尘土飞扬。李军分成几个地点展开穴攻。三路朝着正阳门和通济门而来，两路朝着聚宝门去而去。

李存真令吕英杰、何天骄，关盛年等人个率领三千士卒，绕城巡查堵住各路援军驰援的道路。南京城内的清军见李军绕着城来回巡视，感觉情况不妙，用砖头和石块堵死了城门。

朱国治见城外掘土不止。秘令调来红衣大炮八门，趁着城下李军不注意，一声令下，八门大炮齐发，竟然炸得李军四散奔逃，十七八人死在当场，血肉模糊。李茂之请求向后移动掘土阵地。李存真说道：“若是向后移动，不知道何时才能挖到南京城下。不能后移。”

李存真令张一鸣趁着夜色推上来十二门大口径臼炮，全都装上开花弹。十二门冲天炮一起发射，顿时南京城东南角的城墙上火光冲天，女墙多被削平。清军八门红夷大炮全部报废，死伤惨重。朱国治视察团勇防地，幸好不在城上，不然必定玉石俱焚。等到城上消停了，李存真下令再次开工。