多尔衮病逝后，顺治八年（1651年）闰二月，刚林、祁充格以谄附多尔衮妄改《太祖实录》删去大福晋阿巴亥等事，被处以死刑，范文程亦系同改之人，刑部拟议革职，解任，籍没其家，诸王大臣覆议，拟令其革职折赎留任。顺治帝批示：“范文程曾效力太宗朝，在盛京时，又不曾预贝子硕讬之罪，后知睿王所行悖逆，托疾家居，众亦共知。睿王取去刚林时，以范文程不合其意，故不取去。范文程著革职，本身折赎，仍留原任。前所行情罪已结，今后于委任职掌，当矢忠报效。”不久，范文程即复官。

顺治九年（1652年）遇恩诏，复进世职为一等子，授议政大臣，任《太宗实录》总裁官。

顺治十年（1653年）正月，范文程又上奏恢复连坐法，奏请允许部院三品以上的大臣各举所知之人，若被举之人任官后称职，奖励保举者，如其不称职，按罪之大小，进行论罪。他认为，“此法实行，则内外皆得真才，而天下无有不治者矣”。顺治帝下诏从其议。

八月，加范文程少保兼太子太保。

九月初，年近花甲的范文程上疏顺治帝，以病奏请休致，但被顺治帝挽留。自三年前（1650年），洪承畴失陷于南京，后来被永初朝廷剐于蓬莱，清廷中枢便失去了能总览全局的能臣干将，使得国内形势显得极为被动。如今，更是探知，伪明竟然要发起一场声势浩大的江南战役，一举将清廷势力驱逐至江北，成南北割据之势。

作为清廷中少有的谋略之臣，范文程便得到了顺治帝的格外器重。在他和宁完我的主持下，清廷不仅逐步完善了官制和军制，还厘定了清朝的税收政策，稳定了北方凋敝的经济，更是帮着清廷争取笼络了大批汉族官吏，宣传施以“仁政”，并且“颇爱百姓”。经常以自己现身说法：“我大明骨，大清肉耳。”范文程当时可以说是清廷中枢的实际组织者，他不得不“昼夜在阙下，事无巨细应机立办”。因此，他深受顺治帝倚赖，凡讨伐南明的策略、策反明朝官员、进攻朝鲜、抚定蒙古、国家制度的建设等等，他都深度参与决策。

“皇上，奴才以为，索尼等诸位大人谋划江南、湖广军略已是考虑得极为细致周到，若能依之而为，足可维持目下局势，遏制伪明于我大清发起的浩大攻势。”范文程郑重地说道：“不过，在诸多情势当中，我等似乎遗漏了一个重要影响因素。”

“请范少保指教！”索尼不禁皱了一下眉头，朝范文程拱手说道。

“指教不敢当！”范文程笑着说道：“奴才只是想在此给皇上和诸位大人点出其中疏漏，以免我大清于江南局势不可收拾。我大清集结数省兵马，南下往援江宁、余杭，以抗伪明江南攻势。但我等似乎都忘了一件非常重要的事。往江南，是要渡过长江的。而江防，在敌，不在我。”

“江防，在敌，不在我。”顺治帝和诸多大臣闻言，顿时倒吸了一口气。

去岁十二月，我大清委任的靖海王郑芝龙突然又反正归明，宣布福建全省和浙江南部几个府县纳于伪明永初治下，让清廷上下显得极为被动。如此一来，不仅使得江浙和江南面临郑芝龙的威胁，而且整个长江两岸和沿海地区，顿失屏障，成为伪明和那个齐藩小邦的肆意攻击目标。