当时凡航行在东亚地区的船只，都必须花钱购买明郑的令旗，若无此旗，在东亚海面被拦截的概率超过百分之五十，若在福建沿海，则百分之百被拦截。最后就连台湾的荷兰人都不得不偷偷地以日本船的名义购买令旗，当时中国东南沿海在明郑和平的笼罩下正在平稳的发展。

荷兰方面，东印度公司在此之战明确认知其与明朝武力差距，放弃以武力方式解决与中国间的贸易问题，而郑芝龙在战后对荷兰方面的善意回应使得荷兰放弃与刘香等人的合作，转回与郑芝龙合作的贸易模式。荷兰在此战役对中国的损失丝毫不须赔偿并且还得到了郑芝龙方面稳定供货保证。自此之后东印度公司与中国（郑芝龙）方面维持稳定的贸易行为直到明朝灭亡为止。

郑芝龙荡平了海上的各个海盗利益集团，掌控了贸易网络。台湾海峡从此成为郑氏舰队的内湖。郑芝龙违禁开辟的对日贸易，从此有了福建沿海地区这一稳定的货源地和转运中心，确立了与日本及与大陆沿海各地贸易中对荷兰人的优势。荷兰人千辛万苦殖民台湾，在台湾从事对日本和福建的贸易，将台湾作为东亚、东南亚贸易转运站，也因退出福建水域而使台湾从此失去中介作用。金门的胜利也使郑芝龙被明朝升为福建副总兵，成为合法的福建水军首领。他以强大的武装力量和雄厚的资本称雄国际市场，在与荷兰、日本以及东南亚各国的竞争中胜出，“独有南海之利”。资料记载，他接受安抚后，“海舶不得郑氏令旗，不能往来。每—舶例入三千金，岁入千万计，芝龙以此富敌国”，因而“八闽以郑氏为长城”。