公元184年（光和七年）二月，冀州钜鹿郡人张角发动起义，史称“黄巾之乱”，天下有八州响应，朝野震动。经四府（大将军、太尉、司徒、司空），刘宏便拜卢植为北中郎将，命护乌桓中郎将宗员任其副手，率领北军五校（即屯骑、越骑、步兵、长水、射声五营）的将士，前往冀州平定黄巾军。

卢植连战连胜，张角率军退守广宗县，据城死守。卢植率军包围广宗县城，并挖掘壕沟，制造攻城器械，准备攻城。而这时，刘宏派小黄门左丰到卢植军中检查工作，有人劝卢植向左丰行贿，卢植拒绝。左丰没讨到半点好处，于是怀恨在心，六月，左丰返回雒阳后，向刘宏进谗言说：“臣看广宗县城很容易攻破，卢植却按兵不动，难道他是想等老天来诛杀张角吗？”刘宏大怒，下诏免除卢植的职务，并用囚车押送回雒阳，判处无期徒刑（减死罪一等）。?朝廷拜董卓为东中郎将，接替卢植在冀州平定黄巾军，但董卓战败。

八月，由左中郎将皇甫嵩统率的另一支政府军已平定兖州东郡黄巾军，朝廷则改派皇甫嵩前往冀州平定黄巾军。皇甫嵩不负众望，最终凯旋而归。皇甫嵩返回雒阳后，上书给刘宏，将平定冀州黄巾军的功劳推给卢植，于是卢植官复原职，仍然任尚书。

公元189年（中平六年），刘宏驾崩，大将军何进掌控朝政，何进听信袁绍等人的建议，意图铲除宦官，甚至征召并州牧董卓进京，卢植知道董卓必为后患，竭力劝阻，而何进不听。

八月，发生政变，何进被杀，董卓进京，掌控朝政。董卓意欲废黜少帝刘辩，拥立陈留王刘协为帝，便召文武百官商讨，当时无人敢言，只有卢植独自一人出来反对，董卓大怒，下令将卢植处死，蔡邕为其求情，而议郎彭伯也赶紧出来劝阻董卓说：“卢尚书是海内大儒，士人之望！如今若杀他，天下人都会震惊失望。”董卓这才作罢，仅将卢植免职而已。

不久，卢植以年老身体不适为由，请求返回家乡涿县。等董卓批准后，卢植便走小路离开雒阳，董卓果然派人追杀而不及。卢植便隐居在幽州上谷郡，不问世事。

公元191年（初平二年），袁绍取得冀州，拜卢植为军师。

公元192年（初平三年），卢植逝世。临终前，卢植让其子挖土穴薄葬，不用棺木，只有贴身单衣而已。

卢植被撤走其实表面上对黄巾军是一个有利的、但是董卓接手朝廷大军之后根本就不在意朝廷军队伤亡顾虑。一个劲儿攻城攻城，黄巾军被董卓所领导的这支队伍打得节节败退。

说不好听就是灵帝的错误的决定导致了天朝百姓生命在急速减少，一日的战况结束数千上万的士兵就失去了生命。要是各路大军都是这样的话没几个月黄巾起义当不复存在，但是朝廷也将付出常驻军队的十之**。要是真到了那个时候，匈奴、鲜卑、羌族能善罢甘休吗？