如战前周士相所设想的最坏情况，清军在攻城不克后改以围城。为了达到彻底围死太平军的目的，尚可喜回到广州后即又从广州及各府县征调数千清军至新会，统一交由世子尚之信和都统班志富指挥，并强征上万民夫在短短数天内构建了针对新会城的包围圈。

尚没有和清军大规模野战能力的太平军只能每日看着对面的清军修筑围城工事，看着一座座箭楼、一道道篱笆、一座座军营如雨后春笋般出现在新会四周。在此过程中，太平军不是没有试图阻止清军，但在连续两次夜袭失败，平白损失数十人后，养伤的周士相下令各部不得再自行出城作战，未得他的命令，若有一兵一卒出城，唯所部主官是问！

尚可喜回广州前亲自对围城做了部署，以其本部汉军镶蓝旗围东门，靖南藩下正黄旗汉军并一部分绿营围南门，参将胡国立领督抚标兵并一部分绿营围北门，其余绿营兵马则在总兵林善志统带下包围西门。

清军的包围圈足有三道防线，每道防线都设施齐全，一万多清军分布防线之中，切断了新会与城外的一切联系，导致城中太平军对外界情况一无所知。

随着包围的时间变长，城中虽未出现断粮情况，但是用于生火的木材却变得紧张起来，太平军开始拆卸城中房屋，为的只是取出建筑的木料用于生火。

清军方面，从广州调派的粮草物资源源不断，更有两万多民夫青壮供驱使，江上又有广东水师待命，除了无法攻克新会坚城外，清军在许多方面都占了上风，也占尽优势，此也是尚可喜决定围城的最大本钱。只要太平军没有援军来救，围到最后，赢家一定是清军。

清军包围圈构建后不久。从广州调来的数十门火炮终是到达，在集中火炮对城墙进行轰击不果后，清军不再炮击城墙，只隔三差五向城中开炮。相对应的城中太平军也不间断向城外炮击，可双方的炮击效果都有限，打了几次后，都知这种炮击没有任何意义，双方不约而同的停止了这种无用功。