杨在和马吉翔还有皇亲王维恭是“咒水之难”唯一幸存的三位明朝官员。马吉翔在四川遭乱军所杀，王维恭则在桂阳光复之后随王皇后等前来南都，并无实际差遣在身。

永历被吴三桂安置在贵阳后，杨在曾奉吴三桂之命前往湖广欲说服忠贞营奉表永历。不过吴三桂万万没有想到，杨在却是一去不回头了。

杨在从湖北进入湖南，向太平军时任湖南巡抚赵四海表明身份，随后就被赵四海送到南都。

见过杨在之后，周士相觉得此人颇有理财之能，故让其在银库任职，表现颇是出色，不仅稳定了江南物价，还成功在江南推行了粮票，建立了由省到县的各级银库分支，堪称人材。

这次库部成立之后，周士相第一个想到的库部尚书就是杨在。虽然当年杨在和其岳父马吉翔做了许多有损国家之事，但任人为才，加之这些事情也并非杨在本意，所以对于杨在的任命是周士相破格了的。

工部尚书是原湖广总督张长庚，户部尚书由袁廓宇兼领，丁之相则继续治刑部事，礼部也仍由洪育鳌主持。

枢密院下设的审计院和裁判院以及大理寺三个衙门的主官一律称院使，品阶为正三品。

宫务院主事称院长，品阶为正二品。下辖太常寺、太仆寺、光禄寺、翰林院、鸿胪寺、尚宝司六机构都为正四品机构，其中尚宝司由原司礼太监潘应龙主持。原宫中大小衙门机构全部裁撤，各项职事都由宫务院协调。原送水、洗衣、清扫等事，则由顺天府承办。

枢密院摄政由周士相亲领，晋亲王李定国、顺亲王李来亨、闽亲王郑袭三人为辅政。

辅政以下枢臣38人，文臣有潮国公郭之奇、琼海侯宋襄公、州山侯张煌言三人，其余都为军队将领。如南海侯葛义、德庆侯铁毅、新丰侯邵九公、新会侯赵四海、香山侯蒋和、新安侯苏纳；归安伯齐豪、定安伯邵成国、定朔伯李凤鸣、靖安伯王辅臣、平虏伯王有喜、定南伯朱庆来等。

庆阳王冯双礼、巩昌王白文选也为枢臣，另有11位隆武和永历时期册封的勋爵亦为枢臣，其中4人为忠贞营出身，3人为大西军出身，3人为郑军出身。

宪令定制枢密院枢臣120人，现在却只有三分之一，另有近80席虚位以待。

宪令改制之后，除定武朝廷直接册封承认的勋爵，其余公侯伯爵一律不再承认。此项政策一下就剥夺了130余位爵爷的爵位，不可谓不大胆。不过，政令一下，那些被削爵之人却是无一敢闹事，皆因太平军的军制改革已经基本完成，这些被削爵之人大多被剥夺了兵权，无法串连反抗。

况且，他们本身就没有多少兵马，如一些在广东接受改编的公爵、侯爵，部下的兵马还不如太平军一个千户带的多。如今大势已明，太平军兵强马壮，周士相又是杀人绝不含糊之人，故纵使给这些当初的“散兵游勇”十个胆子，他们也不敢闹事。

朝堂之上的改制基本照周士相的意思落实了下去，郭之奇也好，定武帝也好，都没有阻挠改制。一来他们清楚，这件事他们根本无力阻止。二来，周士相已经告诉他们，改制之后，他就会领军北伐。